Предшественником монастыря был Смольный девичий монастырь, основанный в 1764 году по указу императрицы Елизаветы Петровны с намерением удалиться в него в старости. Мечты императрицы о монашестве так и не сбылись, и монастырь был упразднён с кончиной последних монахинь. Там действовал только Смольный институт благородных девиц — первое женское дворянское учебное заведение в России.
В 1849 году императором Николаем I был основан новый Воскресенский Новодевичий монастырь. Для него было отведено временное место на Васильевском острове при Благовещенской церкви. Между тем для него строились здания на Царскосельской дороге, близ Московских ворот. В 1854 году монастырь переехал на новое место. Ещё до этого, в 1845 году, там было основано Новодевичье кладбище.
Первой монастырской постройкой стала деревянная Казанская церковь, построенная по проекту архитектора Н. Е. Ефимова. Этот храм простоял 80 лет, хотя сильно обветшал к концу XIX века.
3 ноября 1849 года в Высочайшем присутствии состоялась закладка пятипрестольного Воскресенского собора; первый кирпич заложил император Николай I [1]. Собор строился по проекту архитектора Н. Е. Ефимова и инженера Н. А. Сычёва. 2 июля 1861 года он был освящён.
Новодевичье кладбище на территории монастыря было основано в 1845 году, ещё до возобновления самого монастыря. Оно находится в восточной части монастыря. Там похоронены многие известные люди: Н. А. Некрасов, Ф. И. Тютчев, А. Н. Майков, С. П. Боткин, П. И. Багратион, Н. А. Римский-Корсаков и многие другие. Здесь же похоронен и сам архитектор монастыря Н. Е. Ефимов.
Неподалёку от монастыря, у апсиды бывшего домового храма церковноприходской школы, находится могила обер-прокурора Священного Синода К. П. Победоносцева, похороненного там по своему завещанию в 1907 году, а также его жены, умершей в Ленинграде в 1932 году.