В 2014 году во время блокирования российскими войсками ВМС Украины экипажу подводной лодки восемь раз предлагали перейти на сторону России, однако предложения были отвергнуты моряками. 11 марта предприниматели города Запорожье поддержали экипаж, направив микроавтобус с продуктами питания[25].
21 марта штурмовая группа российских войск захватила корабль, на котором произошёл раскол среди личного состава[26][27][28]. Часть моряков задраились внутри корабля, отказываясь сдаваться, остальные приняли участие в захвате субмарины и спуске украинского флага, а также демонтаже украинского герба и таблички с названием своего корабля[29]. Позднее они изъявили желание продолжить службу в составе ВМФ России, остальная часть экипажа во главе с командиром капитаном второго ранга Денисом Клочаном покинула корабль. Над лодкой был поднят Андреевский флаг, что имело скорее символическое значение, нежели практическое — в состав Черноморского флота лодка так и не вошла[29]. 22 марта под проводкой буксира с российскими моряками на борту самостоятельно перешла в Южную бухту[30]. 29 марта Черноморский флот ВМФ России отказался от использования лодки по причине её технических неисправностей, а также потому, что боевые возможности лодки давно устарели, и предложил Украине забрать её назад для дальнейшего использования или утилизации[31]. Позже заявление о передаче подлодки ВМСУ было опровергнуто[32]. Власти Балаклавы предложили сделать подводную лодку экспонатом музея холодной войны[33][34][35].
В июле российские военные заявили, что ДПЛ «Запорожье» будет передана Украине после прекращения военных действий в юго-восточных регионах страны[36].
В 2015 году ЦКБ «Черноморец» предложило переоборудовать подлодку в музей в Севастополе[37]. 19 марта 2016 года командующий Черноморским флотом адмирал Александр Витко заявил, что подводная лодка «Запорожье» не войдет в состав Черноморского флота, а полпред президента РФ в Крымском федеральном округе Олег Белавенцев предположил, что подводная лодка могла бы стать экспонатом музея, отметив, что этот вопрос следует обсудить с ветеранами, так как эта подводная лодка была построена во времена Советского Союза[38].